2007年5月太湖藍藻暴發，水源地水體遭受嚴重污染，引發周邊地區近百萬居民供水危機。黨中央、國務院高度重視，溫家寶總理明確指出：“要把治理‘三湖’作為國家生態環境建設的標志性工程，……堅持不懈地把‘三湖’整治好?！?/p>

　　由于公司長期從事生態環境的綜合治理研究，2009年7月受國家發改委委托,公司承擔《太湖流域水環綜合治理總體方案研究》編制工作，成為國家發改委重要的技術支撐單位。公司組織大量人員，認真總結了太湖水污染治理的經驗教訓，分析了大量基礎資料，厘清了水污染現狀和存在的主要問題；按照科學發展觀的要求，明確了分階段治理的目標和任務，提出了12個方面的綜合治理措施：保障飲水安全、制定更嚴格的排放標準、工業點源治理、城鄉污水處理和垃圾處置、面源污染治理、改善水環境引排工程、調整產業結構、生態修復、河網綜合整治、節水減排、監管體系建設以及提高科技支撐能力等。該成果 2008年5月國務院批復，成為太湖流域水環境綜合治理的指導性文件。同時，國家發展改革委采納公司建議，牽頭建立了太湖流域水環境綜合治理省部際聯席會議制度，完善了兩省一市人民政府和有關部門共同治理太湖流域水環境工作的協調機制。

　　 2013年，受國家發展改革委委托，公司對太湖流域水環境綜合治理總體方案進行修編。使治理方案繼續成為太湖流域水環境綜合治理的指導性文件。

　　該成果獲國家發改委優秀研究成果二等獎。